Objetivo: Verificar a incidência dos indicadores de risco para deficiência auditiva e correlacionar a presença desses indicadores com os resultados da triagem auditiva neonatal. Metodologia: Fizeram parte deste estudo neonatos nascidos em um hospital universitário que realizaram exame de emissões otoacústicas transientes como parte do programa de triagem auditiva neonatal universal. Resultados: Foram avaliados 3122 neonatos nascidos de janeiro de 2010 a novembro de 2011. O indicador de risco para deficiência auditiva esteve presente em 14% (n=444) dos neonatos e destes observamos a incidência de 43% de permanência prolongada em UTI, 38% tiveram Apgar baixo, 26% necessitaram de ventilação mecânica, 24% nasceram com peso menor de 1500g, 18% fizeram uso de medicação ototóxica, 6% tiveram hemorragia peri-intraventricular, 5% tiveram sífilis, toxoplasmose, malformações congênitas e filhos de mães usuárias de drogas, 4% tiveram meningite e história familiar de dificiência auditiva, 3% tiveram hiperbilirrubinemia e síndrome genética, 2% de união com consanguinidade e 0,2% tiveram citomegalovírus e herpes. Os indicadores de risco que mais causaram alterações na triagem neonatal foram o citomegalovírus (100%), hiperbilirrubinemia (75%) e malformações congênitas (60%) enquanto que toxoplasmose (14%), sífilis (12,5%) e uso de ventilação mecânica (12%) foram os indicadores que menos causaram alterações. Conclusão: Embora alguns indicadores de risco para deficiência auditiva apresentarem baixa incidência, quando elas ocorrem os efeitos sobre a audição são maiores. Entre eles os mais importantes foram o citomegalovírus, a hiperbilirrubinemia e as malformações congênitas, com mais alterações nas emissões otoacústicas.